Direttore del Dipartimento per il triennio accademico 2005-2008 - al primo mandato - è il prof. Raffaele Fiorella, Ordinario di Otorinolaringoiatria.

Il Prof. Fiorella succede al Prof. Carlo Sborgia Direttore del Dipartimento per due mandati, Ordinario di Oftalmologia e, da gennaio del 2000, Direttore della Clinica Oculistica e dei R.U.O. – Raggruppamenti delle Unità Operative di Oftalmologia.

Il primo Direttore del Dipartimento e promotore della sua costituzione è stato il Prof. Luigi Cardia.

Gli organi del Dipartimento sono, oltre al Direttore, il Consiglio e a Giunta di Dipartimento.

Del Consiglio, presieduto dal Direttore, fanno parte tutti i docenti ed i ricercatori che afferiscono al Dipartimento, il Segretario amministrativo e due rappresentanti del personale tecnico ed amministrativo.

Della Giunta di Dipartimento, presieduta anch’essa dal Direttore, fanno parte due rappresentanti eletti per ciascuna delle fasce dei docenti e ricercatori, il Segretario amministrativo ed un rappresentante del personale tecnico-amministrativo.